В статье рассмотрены предпосылки создания системы оценки эффективности научно-исследовательской деятельности университета. Одним из основных целей деятельности сотрудников вуза является конструирование и передача знаний. Одним из способов достижения этой цели является проведение научных исследований и публикация их результатов. Существует множество моделей и методов оценки эффективности научной деятельности вуза, но каждая из них обладает своим достатком и недостатком. В статье предложена многокритериальный метод оценки эффективности для поддержки управления исследовательской деятельности университета на основе онтологической модели научных исследований, которая моделирует ключевые субъекты, относящиеся к типичным научным сообществам и отношениям между ними. Данный подход охватывает этапы сбора и систематизации информации, ее измерение и анализ показателей, также принятие управленческих решении и контроль. Совершенствование системы оценки является актуальной проблемой, требующей своего разрешения на основе использования новых информационных технологий.